Detection of vkorc1 polymorphism: comparison of polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism (pcr + rflp) with allele–specific polymerase chain reaction

Ugotavljanje VKORC1 polimorfizma: Primerjava metod verižne reakcije s polimerazo/ polimorfizma dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR + RFLP) z alelno specifično verižno reakcijo s polimerazo

Avtorji

  • Špela Stangler Herodež University Medical Centre Maribor, Laboratory for Medical Genetics ; University of Maribor, Faculty of Medicine, Department of Molecular biology , Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta, Katedra za molekularno biologijo Author
  • Nastja Stankovič University of Maribor, Faculty of Chemistry and Chemical Engineering , Univerza v Mariboru, Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo Author
  • Boris Zagradišnik University Medical Centre Maribor, Laboratory for Medical Genetic , Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko Author
  • Alenka Erjavec Škerget University Medical Centre Maribor, Laboratory for Medical Genetics ; University of Maribor, Faculty of Medicine, Department of Molecular biology , Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; University of Maribor, Faculty of Medicine, Department of Molecular biology Author
  • Nadja Kokalj Vokač University Medical Centre Maribor, Laboratory for Medical Genetic ; University of Maribor, Faculty of Medicine, Department of Molecular biology , Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta, Katedra za molekularno biologijo Author

DOI:

https://doi.org/10.18690/actabiomed.91

Povzetek

Namen: VKORC1 polimorfizem je pomemben genetski dejavnik, ki vpliva na zahtevan odmerek varfarina pri bolnikih, ki potrebujejo različne odmerke varfarina za doseganje antikoagulacijskega terapevtskega učinka. Cilj naše raziskave je bil na vzorcu splošne populacije ugotoviti frekvenco enonukleotidnega polimorfizma (SNP) v VKORC1 genu na preprost, hiter in ekonomičen način.

Metode: Za genotipizacijo smo uporabili metodo verižne reakcije s polimerazo oz. polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR/RFLP), ki smo jo primerjali z metodo alelno specifične verižne reakcije s polimerazo. Genotipizirali smo 441 vzorcev genomske DNA preiskovancev iz severovzhodne Slovenije. Ocenili smo, ali je izbrana skupina v Hardy–Weinbergovem ravnovesju, ter izračunali posamezne genotipe in frekvenco alelov.

Rezultati: Rezultati, pridobljeni z alelno specifično verižno reakcijo s polimerazo, so se popolnoma ujemali z rezultati, pridobljenimi z metodo PCR/RFLP. Frekvenca alela G (0,62) je višja kot frekvenca alela A (0,38) v testirani skupini iz severovzhodne Slovenije.

Zaključek: Izkazalo se je, da PCR/RFLP metoda vključuje dodatne korake na račun časa analize, porabe reagentov in opreme. Na podlagi rezultatov zaključujemo, da alelno specifična verižna reakcija s polimerazo omogoča odkrivanje SNP v VKORC1 genu na bolj enostaven, hitrejši in cenovno bolj sprejemljiv način.

Biografije avtorja

  • Špela Stangler Herodež, University Medical Centre Maribor, Laboratory for Medical Genetics ; University of Maribor, Faculty of Medicine, Department of Molecular biology, Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta, Katedra za molekularno biologijo

    Maribor, Slovenija.

  • Nastja Stankovič, University of Maribor, Faculty of Chemistry and Chemical Engineering, Univerza v Mariboru, Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo

    Maribor, Slovenija.

  • Boris Zagradišnik, University Medical Centre Maribor, Laboratory for Medical Genetic, Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko

    Maribor, Slovenija.

  • Alenka Erjavec Škerget, University Medical Centre Maribor, Laboratory for Medical Genetics ; University of Maribor, Faculty of Medicine, Department of Molecular biology, Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; University of Maribor, Faculty of Medicine, Department of Molecular biology

    Maribor, Slovenija. E-pošta: alenka.erjavec@ukc–mb.si

  • Nadja Kokalj Vokač, University Medical Centre Maribor, Laboratory for Medical Genetic ; University of Maribor, Faculty of Medicine, Department of Molecular biology, Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta, Katedra za molekularno biologijo

    Maribor, Slovenija.

Prenosi

Objavljeno

28.11.2021

Številka

Letn. 6 Št. 2 (2013)

Rubrika

Articles

Kako citirati

Stangler Herodež, Špela, Stankovič, N. ., Zagradišnik, B., Erjavec Škerget, A. ., & Kokalj Vokač, N. (2021). Detection of vkorc1 polymorphism: comparison of polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism (pcr + rflp) with allele–specific polymerase chain reaction : Ugotavljanje VKORC1 polimorfizma: Primerjava metod verižne reakcije s polimerazo/ polimorfizma dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR + RFLP) z alelno specifično verižno reakcijo s polimerazo. Acta Medico-Biotechnica, 6(2), 47-52. https://doi.org/10.18690/actabiomed.91

Najbolj brani prispevki istega avtorja(jev)